A necessidade de construção de posto alfandegário próximo ao fundeadouro (em frente à atual Praça XV) dos navios mercantes estrangeiros que aportavam à Baía de Guanabara e o entusiasmo do Imperador Pedro II pela beleza e privilegiada situação da ilha levaram à construção da notável edificação na já então chamada Ilha Fiscal.

Projetado pelo engenheiro Adolpho Del Vecchio em estilo gótico-provençal, logo adquiriu fama o castelo, pela novidade arquitetônica e pelo requinte de sua cantaria e vitrais. O edifício da Ilha Fiscal foi concluído em abril de 1889, sendo inaugurado com a presença do Imperador D. Pedro II.

Em 1913, a Ilha foi transferida do Ministério da Fazenda para a Marinha, que cedeu em troca o Vapor Andrada. No ano seguinte, foi instalada no local a Repartição da Carta Marítima (atual Diretoria de Hidrografia e Navegação – DHN). Em 1983, a DHN foi transferida para a Ponta da Armação, em Niterói, permanecendo na Ilha Fiscal o Grupamento de Navios Hidroceanográficos até março de 1998. Em 1997, a Diretoria do Patrimônio Histórico e Cultural da Marinha já havia iniciado seu projeto de restauração, com o apoio do Serviço de Documentação da Marinha e sob supervisão do Instituto Estadual do Patrimônio Cultural (Inepac).

Hoje a Ilha Fiscal é conhecida pelo evento "O Último Baile do Império", realizado alguns dias antes da Proclamação da República para receber a oficialidade do Encouraçado chileno Almirante Cochrane. Esta magnífica festa fora organizada em retribuição à grande recepção dada à guarnição do Navio-Escola Almirante Barroso durante a sua passagem pelo Chile no ano anterior, quando em viagem de circunavegação.

Cenário de outros eventos históricos, hoje a Ilha Fiscal está aberta a visitação e também para realização de eventos.

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