A Capitania dos Portos é composta da sua sede, em Santos, tendo como Organização Militar subordinada a Delegacia da Capitania dos Portos em São Sebastião.
A jurisdição da Capitania dos Portos abrange as águas que banham o Estado de São Paulo, desde o município de Cananéia, ao sul, até o município de Bertioga, ao norte, estando em sua área de atuação direta os municípios relacionados no Anexo 1-A.
A jurisdição da Delegacia da CP em São Sebastião abrange as águas que banham o Estado de São Paulo, desde a praia de Boracéia, no município de São Sebastião, ao sul, até o limite dos Estados do Rio de Janeiro e São Paulo, no município de Ubatuba, ao norte, estando em sua área de atuação direta os municípios relacionados no Anexo mencionado acima.