A vida a bordo exige muita disciplina e espírito de companheirismo, devido a este fato os alunos da EFOMM são submetidos a uma rotina rigorosa, que visa à formação do caráter profissional dos futuros Oficiais da Marinha Mercante Brasileira.

A rotina começa bem cedo. Antes do crepúsculo é tocada a alvorada, logo em seguida todo o Corpo de Alunos deve estar formado na consagrada Alameda Alegrete, para assim prosseguirem com o café da manhã. Ao término do café é dado início ao ciclo profissionalizante com aulas de caráter técnico, as quais proporcionam aos alunos um vasto conhecimento a cerca da rotina de bordo e das atividades exercidas por um Oficial da Marinha Mercante, seja ele de Máquinas ou de Náutica.

Na parte da tarde as atividades são voltadas para a prática de esportes e são subdivididas em diversas equipes, como: vela, remo, natação, futebol, voleibol, basquetebol, judô, futsal e tênis.

À noite, os alunos aproveitam o tempo livre se dedicando aos estudos ou envolvendo-se em atividades que estão à sua disposição: aulas de Jumping, step, musculação, Grêmios Acadêmicos, biblioteca, salão de leitura, cinema e canto.

No decorrer do ano são realizadas diversas etapas da instrução e visitas a bordo de navios mercantes e de navios de guerra. São realizadas, também, instruções de salvamento e tiro, entre outras.