Ao terminar o ano de 1939, a região sul foi beneficiada com a criação, pelo Decreto-Lei nº 1766 de 10 de novembro de 1939, da Escola de Marinha Mercante do Lloyd
Brasileiro, no Rio de Janeiro. Localizada no centro da cidade, funcionou em um dos andares das instalações do Lloyd Brasileiro e tinha como extensão de suas dependências, o Navio-Escola “ALEGRETE”, um cargueiro em tráfego normal, adaptado com salas de aula. Seu primeiro Diretor foi o Almirante Graça Aranha, que também dirigia a empresa.	Navio Alegrete

Insuficiente para o crescente número de alunos, essa escola foi extinta pela Lei nº 2801 de 18 de junho de 1956, que criou em seu lugar, a Escola de Marinha Mercante do Ministério da Marinha, edificada e instalada na Avenida Brasil, 9020, junto ao mar, com capacidade inicial de formar 80 Oficiais por ano, nos cursos de Náutica, Máquinas e Câmara.

O surto de desenvolvimento planificado que surgiu no país, a partir de 1964, e o laborioso trabalho realizado pela Diretoria de Portos e Costas, que empreendeu completo e cuidadoso levantamento sobre as necessidades da frota mercante brasileira, em expansão, resultaram na aprovação pelo Congresso Nacional da Lei nº 5461, de 25 de junho de 1968, que destinou à Marinha do Brasil, as contribuições devidas pelas empresas marítimas ao Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial, incitando a criação do Fundo de Desenvolvimento do Ensino Profissional Marítimo, regulamentado pelo Decreto-Lei nº 828, de 05 de setembro de 1969.

No final do ano de 1969, foi realizado o primeiro censo marítimo com a finalidade de catalogar as informações sobre a distribuição dos marítimos por escolaridade, regiões sócio-econômicas e regiões interiores, nas principais bacias hidrográficas. Seguiram-se dois planejamentos, baseados nas informações do censo: um para atender às necessidades imediatas e prementes do programa de renovação da Marinha Mercante; e outro, a longo prazo, visando solucionar, de modo sistemático e dinâmico, a formação de tripulantes para a frota renovada que começava a se multiplicar.

Fruto deste planejamento, com o apoio da Organização Marítima Internacional, a Escola de Marinha Mercante foi transformada, pelo Decreto nº 68.042, de 12 de
	janeiro de 1971, no Centro de Instrução Almirante Graça Aranha (CIAGA), um dos mais modernos e eficientes estabelecimentos de Ensino Profissional Marítimo do mundo, uma verdadeira Universidade do Mar, onde todas as categorias de uma tripulação pudessem desfrutar do ensino técnico profissional e complementar, essencialmente sintonizado com os propósitos de nossa frota mercante.

Suas atividades foram regulamentadas pela Portaria no 0678, de 11 de julho de 1972, do Ministério da Marinha e sua construção foi concluída em 1973. Em 08 de outubro de 1974 teve novo Regulamento aprovado pelo Ministro da Marinha, pela Portaria no 1033, posteriormente, alterado pelas Portarias Ministeriais no 0893, de 13 de junho de 1980 e no 1450, de 01 de outubro de 1981. Revogadas as Portarias de regulamentação e de alteração pela Portaria Ministerial no 0337, de 19 de maio de 1994, o CIAGA passou a ter suas atividades regulamentadas pela Portaria no 0071, de 31 de maio de 1994, do Chefe do Estado Maior da Armada. Posteriormente, um novo Regulamento foi aprovado pela Portaria no 0028, de 14 de fevereiro de 1997, do Comandante de Operações Navais. Revogada esta última, passa a ter suas atividades e organização estruturadas pelo regulamento aprovado pela Portaria no 0002 de 04 de Fevereiro de 1999, do Diretor Geral de Navegação.

Para a consecução das obras de construção do CIAGA foi obtida assistência financeira e técnica do exterior, através do programa das Nações Unidas para o Desenvolvimento (PNUD) e da Organização Marítima Consultiva Intergovernamental (IMCO, hoje IMO). Essa ajuda incluía, além da doação de parte dos equipamentos do Centro, a assistência temporária de peritos para orientar os professores na utilização eficaz dos equipamentos.

Hoje, o CIAGA é o principal componente da estrutura da Diretoria de Portos e Costas dedicada ao Ensino Profissional Marítimo e, junto com o Centro de Instrução Almirante Braz de Aguiar, em Belém, no Estado do Pará, abrigam as Escolas de Formação de Oficiais da Marinha Mercante (EFOMM).

Almirante Bonoso 1º Comandante do CIAGA

O curso da EFOMM se desenvolve em seis semestres escolares e dois semestres de estágio embarcado em navios das Companhias de Navegação, para os oficiais de náutica e em seis semestres escolares e um semestre cumprindo estágio embarcado, para os oficiais de máquinas. Se julgados aptos, após a avaliação do Estágio a bordo, os alunos recebem o certificado de Segundo Oficial de Náutica ou Máquinas, conforme o caso, e são declarados Segundos-Tenentes da Reserva da Marinha do Brasil. A formação de oficiais é propiciada, também, através de cursos específicos para adaptação de universitários recém-formados (ASON e ASOM) e de subalternos da Marinha Mercante (ACON e ACOM). Paralelamente, o CIAGA executa o Programa do Ensino Profissional Marítimo, que contempla cursos de qualificação e atualização para todas as categorias de aquaviários.

Para cumprir suas tarefas o CIAGA dispõe, atualmente, de um efetivo de cerca de 213 militares e 201 servidores civis, entre os quais se incluem os professores e instrutores. Suas instalações estão dimensionadas para alojar até cerca de 600 alunos, em regime de internato.