A Capitania Fluvial do Rio Paraná (CFRP), com sede na cidade de Foz do Iguaçu, Estado do Paraná, teve como sua precursora a Delegacia da Capitania dos Portos do Estado do Paraná, criada de acordo com o art. 43 da lei 4.793, de 07 de janeiro de 1924. A Delegacia foi instalada em Foz do Iguaçu em 06 de março de 1933.
Em 20 de novembro de 1940, foi elevada à condição de Capitania de Terceira Classe, com o nome de Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná com sede em Foz do Iguaçu, Estado do Paraná, pelo Decreto nº 6.530 (Bol. MM nº 50/1940), exercendo jurisdição sobre o curso do Rio Paraná em toda a sua extensão, sobre o curso do Rio Grande compreendido desde a Cachoeira do Marimbondo até a confluência com o Paraná, e sobre todos os afluentes navegáveis dos rios Grande e Paraná, nos trechos considerados, com exceção do rio Tietê que fica limitado em Barra Bonita. Pela Portaria nº 1.612, de 16 de novembro de 1977, do Exmº. Sr. Ministro da Marinha, a
Capitania Fluvial do Rio Paraná foi recalcificada para Capitania de Terceira Classe.
De acordo com o art. 10 do Decreto nº 81.105, de 21 de dezembro de 1977, que aprovou o Regulamento para as Capitanias dos Portos, passou a ser subordinada ao Comando do Quinto Distrito Naval, ficando a supervisão funcional, a cargo da Diretoria de Portos e Costas.
Pelo Decreto nº 81.591, de 20 de abril de 1978, a Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná, passou a denominar-se Capitania dos Portos do Rio Paraná, exercendo jurisdição, de acordo com a Portaria nº 1.874, de 04 de dezembro de 1978, do Sr. Ministro da Marinha, sobre o Estado do Paraná, entre o alinhamento estabelecido pelas cidades de Ribeira, Curitiba e Rio Negrinho e o Rio Paraná.
Em 11 de abril de 1983, foi extinta a Capitania dos Portos do Rio Paraná, pelo Decreto nº 88.224. Logo em seguida, pela Portaria nº 0615 de 14 de abril de 1983, do Sr. Ministro da Marinha, foi criada a Delegacia da Capitania dos Portos do Estado do Paraná em Foz do Iguaçu.
A Portaria nº 0976, de 21 de outubro de 1986, do Ministro da Marinha, extinguiu a Delegacia da Capitania dos Portos do Estado do Paraná em Foz do Iguaçu e, simultaneamente, criou a Capitania Fluvial dos Portos do Rio Paraná em Foz do Iguaçu, como Capitania de Segunda Classe. Finalmente, voltou à denominação de Capitania Fluvial do Rio Paraná, pela Portaria nº 0843 de 27 de dezembro de 1994, do Ministro da Marinha.
A Capitania Fluvial do Rio Paraná
possui sob sua subordinação a Delegacia Fluvial de Guaíra (DelGuaíra), que teve como origem a Agência da Capitania dos Portos do Rio Paraná, criada pelo Decreto nº 5.765-A, de 1º de agosto de 1930.
A Portaria nº 61, de 28 de maio de 2007, do Comando de Operações Navais, fixou as áreas de jurisdição da
Capitania Fluvial do Rio Paraná e Delegacia Fluvial de Guaíra.
Na data de 20 de novembro comemora-se o aniversário da Capitania Fluvial do Rio Paraná.


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