Em 20 de novembro de 1940 houve a extinção da Capitania dos Portos do Território do Acre de acordo com o Decreto número 6.530, esse Estado foi passado para a jurisdição da Capitania dos Portos do Estado do Amazonas, e ela passou a ser denominada CAPITANIA DOS PORTOS DO ESTADO DO AMAZONAS E ACRE.
Pelo Decreto nº 29.975 de 11 de setembro de 1951, A Capitania passou a ser denominada CAPITANIA DOS PORTOS DO ESTADO DO AMAZONAS E DOS TERRITÓRIOS ACRE, GUAPORÉ E RIO BRANCO.
Desde
então, a Capitania dos Portos teve as seguintes denominações:
- CAPITANIA DOS PORTOS DO ESTADO DO AMAZONAS E TERRITÓRIOS LIMÍTROFES;
- CAPITANIA DOS PORTOS DO ESTADO DO AMAZONAS, ACRE, RONDÔNIA E RORAIMA;
e
- CAPITANIA FLUVIAL DA AMAZÔNIA OCIDENTAL, denominação que permanece
até a presente data.